Els Aiguamolls de l’Empordà és una de les maresmes més important de Catalunya, juntament amb la del Delta de l’Ebre. El conjunt d'aiguamolls que el formen s’han creat al final dels rius Muga i Fluvià, a l'Alt Empordà, i del Ter i el Daró, al Baix Empordà.
A la plana de l’Alt Empordà s’hi diferencien dos dominis fluvials: la plana de la Muga, al nord, i el baix Fluvià, al sud.